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云序客户近期RNA修饰高分文章速览

发布时间:2024-05-30 13:46 |  点击次数:

自首次发现m6A在mRNA中广泛存在以来,至今已陆续发现了160-170种RNA修饰,如m1A、m5C、ac4C、m7G、m6Am、Nm和Ψ等。RNA修饰属于转录后修饰,普遍存在于编码和非编码RNA中,可以改变核糖和碱基的典型结构,改变RNA的命运,广泛参与在各种生物学过程中,包括mRNA前体的剪接、成熟mRNA的转运、降解及翻译过程等。随着多种转录修饰测序技术的进步和调控效应蛋白的鉴定,对RNA修饰的生物合成、分布特征、分子功能和调控机制等方面的研究也得到进一步的推进。

经过不完全统计,2023年7月份至今,云序生物客户已发表的RNA修饰类SCI文章数目已将近50篇,其中多篇影响因子达到10+。从这些文章中,我们精选了6篇高分文章,主要以常见的修饰类型m6A、ac4C、m5C为主,进行导读与分享。希望通过这次的分享,能够给老客户提供一些研究思路上的灵感,以及帮助一些新的客户了解如何将高通量测序技术和分子互作技术相结合,从而深入研究RNA修饰影响生物过程的相关机制,助力更多高分文章的产出。

 

m6A与肿瘤生长

期刊:Cancer Communications     IF=16.2     发表日期:2023/7/19

文章题目:Targeting histone deacetylase suppresses tumor growth through eliciting METTL14-modified m6 A RNA methylation in ocular melanoma

中文题目:靶向组蛋白去乙酰化酶通过诱导METTL14修饰的m6 A RNA甲基化抑制眼部黑色素瘤的肿瘤生长

DOI:10.1002/cac2.12471

研究方法:m6A MeRIP-seq、RNA-seq、CUT&Tag-seq、scRNA-seq、miCLIP-seq、Chip-qPCR、RIP-qPCR

研究主题:本研究旨在探讨组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生调控中的作用。通过组蛋白修饰抑制剂筛选,探讨HDACis对眼部黑色素瘤细胞的影响。通过检测m6A RNA整体修饰水平以及RNA-seq、CUT&Tag-seq、scRNA-seq、m6A MeRIP-seq和m6A单个核苷酸分辨率交联免疫沉淀测序(miCLIP-seq)等多组学分析,揭示了HDACis对眼黑色素瘤中METTL14和FAT肿瘤抑制因子同源物4(FAT4)的作用机制。通过检测METTL14和FAT4在眼黑色素瘤细胞和组织中的表达水平以及应用细胞模型和异位移植模型确定METTL14和FAT4在眼黑色素瘤生长中的作用。最后采用RIP-qPCR、m6A MeRIP-seq、miCLIP-seq、RNA稳定性等方法研究影响FAT4蛋白m6A水平的机制。结果表明,HDAC通过协调m6A修饰发挥抗癌作用,揭示了眼部黑色素瘤中HDAC/METTL14/FAT4表观遗传级联的“组蛋白-RNA干扰”机制。

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seRNA-m6A与癌基因转录

期刊:Nature Genetics     IF=30.8        发表日期:2023/12/12

文章题目:Super-enhancer RNA m6A promotes local chromatin accessibility and oncogene transcription in pancreatic ductal adenocarcinoma

中文题目:seRNA-m6A可促进胰腺导管腺癌的局部染色质可及性和癌基因转录

DOI: 10.1038/s41588-023-01568-8

研究方法:m6A MeRIP-seq、RNA-seq、PAR-CLIP-seq、Coip-MS、RNA pull down、CUT&Tag-seq、ATAC-seq、CHIP-seq

研究主题:该研究通过ATAC-seq、RNA-seq和m6A MeRIP-seq等多组学数据的整合分析除了揭示CFL1-YTHDC2-MLL1表观调控轴可促进染色质开放和相应癌基因表达外,还积累了大量可靠数据,为全面的泛癌研究打下了重要基础。研究首先鉴定了在胰腺中激活的超级增强子位置,然后通过整合98例胰腺癌与癌旁正常组织样本的m6A测序数据,描绘了胰腺癌中seRNA-m6A图谱,发现在胰腺癌组织中seRNA-m6A含量显著高于正常组织,这归因于在胰腺癌中高表达的RNA结合蛋白CFL1。又运用体外培养的细胞,进行了生化、分子生物学及细胞生物学等实验,证实CFL1是RNA甲基转移酶METTL3的协同分子,它招募METTL3到与其结合的seRNA进行m6A甲基化。显著增加的seRNA-m6A被m6A阅读蛋白YTHDC2识别,后者同时招募组蛋白甲基转移酶MLL1,使其邻近区域的染色质组蛋白H3K4三甲基化增加,导致染色质开放。该研究首次揭示了胰腺癌中seRNA甲基化修饰对组蛋白修饰和癌基因表达的调控,扩展了人们对超级增强子及其转录本功能新的认知。此种表观转录组和表观基因组的相互作用必定与其它类型癌症也有关系,因此可能开辟一个癌症中基因表达调控新的研究方向。

 

 

m6A与氨基酸及代谢

期刊:Cell Death And Differentiation     IF=12.4     发表日期:2024/4/3

文章题目:Unveiling the methionine cycle: a key metabolic signature and NR4A2 as a methionine-responsive oncogene in esophageal squamous cell carcinoma

中文题目:循环是食管鳞状细胞癌嗜好甲硫氨酸并揭示甲硫氨酸发辉促癌功能的关键分子靶点NR4A2

DOI: 10.1038/s41418-024-01285-7

研究方法:m6A MeRIP-seq、RNA-seq、RIP-qPCR

研究主题:研究者在深入分析临床标本的代谢组学数据时,发现甲硫氨酸循环在食管鳞状细胞癌(ESCC)中表现出强烈的激活作用,并且与患者的存活率成反比。进一步发现ESCC细胞可大量摄取Met来合成S-腺苷甲硫氨酸(SAM),然后通过m6A MeRIP-seq、RNA-seq等高通量测序技术发现甲硫氨酸可通过SAM增强METTL3介导的RNA m6A甲基化并改变基因表达。综合全局分析凸显了甲硫氨酸/SAM以肿瘤特异性方式对NR4A2表达的强大影响,这种影响是由IGF2BP2依赖性稳定甲基化的NR4A2 mRNA介导的。最终该研究揭示了ESCC患者的肿瘤组织中有高度活跃的甲硫氨酸(Met)代谢,进一步发现ESCC细胞可大量摄取Met来合成甲基供体——S-腺苷甲硫氨酸(SAM),然后通过“METTL3-RNA m6A-IGF2BP2”轴,上调促癌基因NR4A2的mRNA稳定性和蛋白表达,最终促进ESCC进展。

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ac4C与干细胞

期刊:Nucleic Acids Research     IF=14.9      发表日期:2023/7/27

文章题目:NAT10-mediated N4-acetylcytidine mRNA modification regulates self-renewal in human embryonic stem cells

中文题目:NAT10介导的mRNA ac4C修饰调节人类胚胎干细胞的自我更新

DOI: 10.1093/nar/gkad628

研究方法:acRIP-seq、ac4C-seq、RNA-seq、SLAM-seq、LC-MS/MS

研究主题:本研究通过acRIP-seq、ac4C-seq和LC-MS/MS等测序技术进行联合分析,在hESCs具有明显的ac4C修饰,且其中编码多能性核心转录因子的转录本是ac4C的有利靶标。进一步的验证实验表明,ac4C乙酰化转移酶NAT10基因失活会导致靶基因上的ac4C水平下降,促进多能性核心调控因子OCT4(POU5F1)转录本的衰减,最终损害hESCs的自我更新并促进其早期分化。最终阐明了以前未被认识到的维持人类ESC自我更新的核心多能转录网络与NAT10催化的ac4c RNA表观遗传修饰之间的相互联系。

 

 

ac4C与心肌损伤

期刊:Redox Biology     IF=11.4       发表日期:2024/4/2

文章题目:The positive feedback loop of the NAT10/Mybbp1a/p53 axis promotes cardiomyocyte ferroptosis to exacerbate cardiac I/R injury

中文题目:NAT10/Mybbp1a/p53的正反馈机制促进心肌细胞铁蛋白沉积,加剧心脏I/R损伤

DOI: 10.1016/j.redox.2024.103145

研究方法:acRIP-seq、mRNA-seq、CHIP-seq、Coip-MS

研究主题:本研究旨在阐明NAT10在心肌铁下垂中的作用及其机制。在I/R后小鼠心脏和缺氧/再氧化心肌细胞中,NAT10 mRNA和蛋白水平升高。在缺血再灌注I/R损伤过程中,P53以转录依赖的方式作为内源性NAT10激活因子。心肌过表达NAT10可引起心肌细胞上铁血症加重I/R损伤,而心肌细胞特异性敲除NAT10或用重塑蛋白药理抑制NAT10则具有相反的作用。Fer-1抑制心肌细胞凋亡对NAT10诱导的I/R后心肌损伤加重的心脏保护作用优于emica抑制心肌细胞凋亡。在机制上,NAT10通过诱导Mybbp1a的ac4C修饰,增加其稳定性,进而激活p53,随后抑制抗铁沉基因SLC7A11的转录。此外,Mybbp1a的下调部分消除了NAT10过表达对心肌细胞铁凋亡和心脏I/R损伤的有害影响。总的来说,研究结果揭示了p53和NAT10相互依赖地合作形成一个正反馈途径,促进心肌细胞铁下沉,加剧心脏I/R损伤,这表明靶向NAT10/Mybbp1a/p53可能是治疗心脏I/R的新方法。

 

 

m5C与tRNA

期刊:Clinical and Translational Medicine   IF=10.6  发表日期:2023/11/13

文章题目:The m5C methyltransferase NSUN2 promotes codon-dependent oncogenic translation by stabilising tRNA in anaplastic thyroid cancer

中文题目:m5C甲基转移酶NSUN2通过稳定无结构性甲状腺癌中的tRNA来促进密码子依赖性的致癌翻译

DOI: 10.1002/ctm2.1466

研究方法:tRNA Bis-seq、tRNA-seq、Ribo-seq、mRNA-seq、LC-MS/MS

研究主题:翻译失调在肿瘤发生和癌症进展中起关键作用,致癌翻译依赖用于蛋白质合成的tRNA的稳定性和可用性。本研究中先通过免疫组化分析评估甲状腺癌中的NSUN2水平,根据表型测定分析了NSUN2对无结构性甲状腺癌(ATC)恶性程度的影响。再采用LC-MS和Bis-seq对tRNA的m5C甲基化进行了全局和单碱基水平的研究,结合mRNA、Ribo-seq、tRNA-seq,确定了一系列下游蛋白质和密码子。观察到tRNA m5C甲基转移酶NSUN2在ATC中上调,并与去分化相关。此外,NSUN2敲除抑制了ATC在体内和体外的形成、增殖、侵袭和迁移。从机制上讲,NSUN2可催化tRNA结构相关的m5C修饰,稳定tRNA,从而维持体内平衡并快速转运氨基酸,尤其是亮氨酸,为开发潜在的ATC治疗策略提供了新的分子基础。

 

研究发现,RNA修饰与各分子及各个生物学过程都有千丝万缕的联系,因此RNA修饰相关课题总能结合上各种组学测序技术,揭示生物体内的作用机制及生物学过程。

 

云序生物RNA修饰优势

优势一:RNA修饰产品线最全,热门修饰IP类/单碱基分辨测序 + IP试剂盒

RNA修饰测序是云序生物转录调控及表观组学旗下的重磅产品。在国内,目前云序生物具有最全的RNA修饰测序平台,可提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、m6Am、ac4C乙酰化、2'-O-甲基化和假尿嘧啶等各类热门修饰的多种测序技术,包括IP类和单碱基分辨测序,涵盖各类RNA分子,如mRNA、lncRNA、circRNA、tRNA、rRNA、miRNA、piRNA及pri-miRNA等非编码RNA的MeRIP-seq服务。通过不断迭代优化,目前RNA修饰测序平台适用于各类物种,组织及RNA起始量的个性化需求。同时,云序生物还在线出售m6A、m5C、m1A、m7G、O8G、ac4C的ip试剂盒。

 

云序RNA修饰测序产品列表:

云序RNA修饰试剂盒产品列表:

 

优势二:数千篇SCI论文、数万例测序样本

目前,云序累计助力客户发表140+篇RNA修饰SCI论文,影响因子1000+,累计完成数千例RNA甲基化测序样本,全面覆盖医口、农口等各类样本。文章涉及多种组学联合方案,如RNA修饰联合Ribo-seq、RIP-seq、miRNA-seq、SLAM-seq及单细胞等。云序生物已成为客户心中值得信赖的RNA修饰合作伙伴!

云序客户RNA修饰部分文章列表:

 

优势三:MeRIP-seq全面升级,spike in严格质控IP实验

云序m6A meRIP-seq Plus(spike in)通过在实验过程中加入两类人工合成的spike in:阳性Spike-In(带m6A修饰)和阴性Spike-In(不带修饰),与样品一起进行MeRIP实验及后续测序分析,根据spike in的检测信号对MeRIP实验进行质控,确保实验流程的准确性、可重复性及抗体的特异性!

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优势四:测序到验证、靶标定位到分子机制,云序提供一站式服务

提供RNA修饰一站式服务,包括上游整体修饰水平的检测、RNA修饰高通量测序后的验证实验,还提供“各类分子互作组研究”服务,包括DNA-蛋白互作、RNA-蛋白互作、DNA-RNA互作等各项检测技术和系统性解决方案,助力探究深层分子作用机制!

云序多组学方案:

RNA修饰多组学已经广泛应用于各类研究中,除了常见的物种以外,在很多非模式生物上也有研究,如牛羊、酵母、细菌、番茄、玉米等等。研究思路也多种多样,如果您有更多的想法及需求,欢迎后台与我们联系!

 

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云序用户农口IF20+论文:植物mRNA存在ac4C新型修饰,对RNA稳定性及翻译产生重要影响

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