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时间不够?云序m6A甲基化测序技术助力用户3-5个月发表5分文章!

发布时间:2022-04-01 12:18 |  点击次数:

导  读
有关m6A修饰的研究在生物领域仍然持续火热,近年来,国自然立项和文章发表数目保持指数增长,2021年pubmed收录文章已经高达1556篇。云序生物在m6A修饰领域具有丰富的经验,最近云序客户又连发5篇4-6分m6A 甲基化测序研究文章。下面小编就带大家来看一看这几篇新发文章的研究思路,一起来解密如何能够在短时间内就能发表5分左右的文章!5篇文章当中涉及到的m6A-MeRIP-seqRNA-seqMeRIP-PCRm6A整体甲基化水平检测(LC-MS/MS)等实验由云序生物参与一站式服务完成。

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一、结直肠癌mRNA m6A表达谱

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发表杂志:Frontiers in Cell and Developmental Biology
影响因子:6.684
实验手段m6A-MeRIP-seqRNA-seq(云序生物提供)
实验样本设计:结直肠癌组织 vs 癌旁(5 vs 5)
发表时间:2022年1月7日
文章链接Comprehensive Analysis of Differentially Expressed Profiles of mRNA N6-Methyladenosine in Colorectal Cancer
文章摘要:为了全面分析人类结直肠癌(m6A)修饰在人类结直肠癌(CRC)中的作用,作者采用m6A-MeRIP-seq,比较CRC组织与邻近正常对照(NC)组织之间mRNA m6A甲基化的差异,发现50.13%的修饰基因在结直肠癌中表现出独特的m6A修饰峰。采用RNA-seq来检测转录差异表达的mRNA,对m6A-MeRIP-seqRNA-seq数据进行联合分析,发现了400个差异m6A甲基化和表达基因,通路分析检测到与癌症密切相关。通过GEPIA数据库分析,作者发现B3GNT6、DKC1、SRPK1和RIMKLB的表达与预后相关,而B3GNT6和RIMKLB的表达与临床分期相关。鉴定出17个rbp,其中FXR1、FXR2、FMR1、IGF2BP2、IGF2BP3和SRSF1在CRC中明显高表达,FMR1、IGF2BP2和IGF2BP3与甲基化密切相关,可能参与了CRC的发生发展。

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二、mRNA m6A调控肾细胞癌基因表达

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发表杂志:Frontiers in Genetics

影响因子4.599
实验手段m6A-MeRIP-seqRNA-seqMeRIP-qPCR(云序生物提供)
实验样本设计原发性肾细胞癌 vs 癌旁(5 vs 5)
发表时间2022年1月21日
文章链接m6A-mRNA Methylation Regulates Gene Expression and Programmable m6A Modification of Cellular RNAs With CRISPR-Cas13b in Renal Cell Carcinoma

文章摘要n6-甲基腺苷(m6A)是最广泛的RNA修饰,但其在肾细胞癌(RCC)的发展和进展中的作用仍不清楚。在该研究中,作者通过m6A-MeRIP-seqRNA-seq获得了肾细胞癌和配对的相邻瘤周组织中转录组范围的m6A谱和基因表达模式。GO分析显示,编码基因具有差异的m6A位点,并在肾脏发育和癌症相关信号通路中富集,并且不同水平的m6A修饰可以调控基因的表达。在组织中通过MeRIP-qPCR验证m6A的修饰,并在RCC细胞系中使用基于CRISPR-Cas13b的工具验证靶向甲基化或去甲基化。该研究结果为研究RNAm6A修饰和m6A介导的基因表达调控在人肾细胞癌中的潜在功能提供了证据。

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三、食管胃结腺癌中mRNA的m6A甲基化分析
 

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发表杂志:Frontiers in Genetics

影响因子4.599
实验手段m6A-MeRIP-seqRNA-seqMeRIP-qPCR云序生物提供)
实验样本设计食管胃结腺癌 vs 癌旁(4 vs 4)
发表时间2022年1月24日
文章链接Analysis of N6-Methyladenosine Methylome in Adenocarcinoma of Esophagogastric Junction

文章摘要m6A甲基化是最常见的一种RNA修饰。近年来,国内外食管胃交界处腺癌(AEG)的发病率上升速度均快于其他部位的胃癌。因此,作者将这二者结合,采用m6A-MeRIP-seqRNA-seq相结合,通过生物信息学手段系统地分析了腺癌在食管胃交界处的mRNA的m6A修饰模式。作者发现AEG中独特的m6A相关基因与癌症相关通路有关。在差异表达的mRNA转录本中,AEG中有高甲基化或低甲基化的m6A峰。该研究初步构建了第一个人类AEG的m6a全转录组图谱。这在揭示m6A介导的基因表达调控机制方面具有指导作用。

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四、METTL3促进骨肉瘤细胞转移
 

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发表杂志Journal of Bone Oncology

影响因子4.072
实验手段:m6A-MeRIP-seqRNA-seqLC-MS/MS,MeRIP-qPCR(云序生物提供)
实验样本设计:下调METTL3的转移性骨肉瘤细胞 vs 对照(3 vs 3)
发表时间:2022年1月19日
文章链接:m6A-dependent upregulation of TRAF6 by METTL3 is associated with metastatic osteosarcoma

文章摘要:RNA m6A与肿瘤的发生有关。甲基转移酶样3(METTL3)在癌症进展和转移中的重要性已被报道。然而,其在最常见的原发性骨肉瘤(OS)中的作用和分子机制研究较少。作者发现METTL3在转移性OS组织中过表达,而METTL3的下调降低了细胞的迁移、侵袭、上皮-间充质转化以及致瘤和转移活性。在细胞中人工下调METTL3,采用RNA-seqm6A-MeRIP-seq方法鉴定METTL3的下游基因,发现在转移性OS中,METTL3与TRAF6呈正相关,而METTL3的缺失会导致OS细胞中TRAF6的表达缺失,TRAF6的上调能够促进OS转移。

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五、在重症急性胰腺炎小鼠模型中的circRNA m6A图谱

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发表杂志:World Journal of Gastroenterology

影响因子:5.742
实验手段:m6A-MeRIP-seqRNA-seq(云序生物提供)
实验样本设计:重症胰腺炎小鼠 vs 健康小鼠(3 vs 3)
发表时间:2021年11月21日
文章链接:Genome-wide map of N6-methyladenosine circular RNAs identified in mice model of severe acute pancreatitis

文章摘要:重症急性胰腺炎(SAP)是一种致命的炎症性疾病,发病机制复杂,缺乏有效的治疗选择。环状RNA的n6-甲基腺苷(m6a)修饰在其生理和病理过程中起着重要作用。然而,m6A环状RNA在SAP病理过程中的作用尚不清楚。作者采用m6A-MeRIP-seq鉴定m6A环状RNA图谱,通过GO分析和KEGG分析结果显示有一些重要的通路参与了SAP的发病机制,如调节自噬和蛋白质消化等。通过构建m6A circRNA-microRNA网络,发现一些参与SAP发生和发展的重要miRNAs与这些m6A环状RNA结合,如miR-24-3p、miR-26a、miR-92b、miR-216b、miR-324-5p和miR-762。并且发现在SAP中,环状RNA的总m6A水平降低,而ALKBH55水平上调,这表明ALKBH5可能与SAP中m6A的动态过程有关。

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思 路 总 结

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综上所述,巧妙利用m6A-MeRIP-seqRNA-seq(云序生物提供)联合分析技术手段,探究疾病组织或细胞中的m6A修饰分布情况,以及m6A对转录组表达调控的影响。
通过这种优质的策略,客户只需要准备好样本,测序后得到的数据,仅需要进行简单的验证,就可以高效探讨RNA的m6A甲基化修饰,基本3-6个月一篇甲基化表达谱的文章就成型,且多组学联合分析,文章内容丰富,是甲基化谱学研究的一大利器!

 
云序生物m6A修饰研究五大模块
01 m6A RNA修饰测序
m6A RNA修饰测序(m6A-MeRIP-seq)
对m6A RNA甲基化,目前zui流行的检测手段为m6A-Seq技术,适用于m6A RNA甲基化谱研究,快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序:
  • m6A 全转录组测序(涵盖mRNA,LncRNA,circRNA)
  • m6A LncRNA测序(涵盖LncRNA和mRNA)
  • m6A Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA)
  • m6A  mRNA测序
  • m6A miRNA测序

02 检测整体m6A RNA修饰水平

LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
精准高效,可以实现一次检测,9类修饰水平检测,一步到位。
比色法检测整体RNA修饰水平
快速检测m6A整体甲基化水平
03 m6A RNA修饰上游酶的筛选
m6A RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m6A RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m6A RNA修饰靶基因验证
MeRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务,可针对mRNA,lncRNA,环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测,低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
05机制互作研究
RIP-seq/qPCR
筛选或验证RNA修饰直接靶点,研究RNA修饰靶基因的调控机制。
RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白,研究相应的分子调控机制。
双荧光素酶实验
验证两基因互作,研究相应的分子调控机制。
ChIP-seq
筛选或验证目标蛋白与DNA互作,研究相应的分子调控机制。

 
--  云序生物服务优势  --
优势一:发表10分以上文章最多的m6A RNA甲基化测序服务平台。云序已累计支持客户发表71篇高水平RNA修饰文章,合计影响因子570分+,是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。
优势二:至今完成4000+例 m6A测序样本,全面覆盖医口、农口等各类样本。
优势三:全面检测mRNA和各类非编码RNA(circRNA,lncRNA,Pri-miRNA等)。
优势四:du家提供m6A一站式服务:m6A整体水平检测m6A测序MeRIP-qPCR验证RIPRNA pull-down等。
优势五:率先研发微量MeRIP测序技术,RNA量低至500ng起。
优势六:国内最全的RNA修饰测序平台,提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、m6Am、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序。

 

云序客户RNA修饰部分文章列表

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