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9-11月 m6A RNA甲基化影响因子10+文章集锦

发布时间:2021-01-13 14:47 |  点击次数:

前言
核糖核酸N6-甲基腺苷修饰(m6A)是最丰富的RNA修饰之一,今年关于m6A研究的热潮爆发。近3个月发表的m6A相关研究文章有40多篇,其中10分以上文章频频发表。
云序生物是国内RNA修饰测序的领跑者,可针对mRNA和各种非编码RNA提供各类RNA修饰测序服务 (m6A、m1A﹑m5C﹑m7G﹑ac4C﹑2’-O-甲基化等)。目前,云序已累计支持客户发表近30篇高水平文章,合计影响因子191.25分,是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。
今天小编带大家来快速回顾近三个月10分以上m6A文章内容,包括m6A修饰调控肿瘤的发生发展、耐药性以及导致不良预后,另外发现m6A修饰影响病毒与宿主相互作用,以及m6A修饰具有早衰相关疾病治疗靶标的潜能。

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高分案例

1. RNA m6A甲基转移酶METTL3通过激活m6A-GLUT1-mTORC1轴促进结直肠癌具有作为结直肠癌治疗靶点的前景

文章链接:RNA m6A methyltransferase METTL3 facilitates colorectalcancer by activating m6A-GLUT1-mTORC1 axis and is a therapeutic target
发表杂志:Gastroenterology
发表日期:2020.11.17
影响因子:17.373
摘要:核糖核酸N6-甲基腺苷修饰(m6A)是人类最丰富的核糖核酸修饰,也是转录后调控基因剪接、翻译和降解的关键决定因素。m6A调节异常最近被证明在肿瘤发生中起着多方面的作用,然而,m6A在癌症发展中的因果关系仍知之甚少。由于m6A修饰是否以及如何在结直肠癌中转化为促肿瘤信号尚不清楚,因此本文旨在探讨m6A调节酶METTL3在结直肠癌发病中的作用及其作为治疗靶点的潜。此研究首先在结直肠癌细胞系中进行了CRISPR/Cas9文库筛选,并发现METTL3(一种m6A甲基转移酶)是结直肠癌细胞存活的首要必需基因。在这项研究中,通过m6A测序(MeRIP-seq)、RNA测序(RNA-seq)和核糖体分析(Ribo-seq)研究了METTL3作为m6A甲基转移酶在结直肠癌发生中的功能意义和潜在机制。在结直肠癌细胞、患者来源的结直肠癌器官样细胞和动物模型中的验证确定了METTL3介导的m6A修饰、核糖核酸代谢和致癌信号转导之间的关联,进一步阐明了靶向METTL3介导的m6A修饰在结直肠癌中的疗效。
 
2. CircRNA-SOREm6A修饰通过调节β-catenin信号通路维持肝细胞癌sorafenib耐药性
文章链接:N6-methyladenosine-modifiedCircRNA-SORE sustains sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma by regulatingβ-catenin signaling
发表杂志:Molecular Cancer
发表日期:2020.11.23
影响因子:15.302
摘要:索拉非尼是一种多激酶抑制剂,是美国食品和药物管理局批准用于晚期HCC病的一线靶向药物。索拉非尼可以延长HCC患者的生存期,然而,耐药性限制了其疗效。尽管已有一些索拉非尼耐药性的报道,但确切的原因仍不清楚。因此,迫切需要了解HCC索拉非尼耐药的潜在分子基础,并开发基于机制的治疗方法。在本研究中,随机选择92个HCC患者组织样本,另外随机选择40个索拉非尼治疗的HCC患者组织样本,检测组织中circRNA-SORE表达和β-连环蛋白免疫组织化学染色,我们发现circRNA-SORE在索拉非尼抗性HCC细胞中上调,并且是维持索拉非尼抗性所必需的。通过RNA pull-down和基因沉默和过表达技术,我们确认circRNA-SORE通过充当ceRNA竞争性地结合miR-103a-2-5p和miR-660-3p,从而激活Wnt/β-连环蛋白途径并促进HCC索拉非尼抗性。在索拉非尼耐药的HCC,circRNA-SORE水平的增加是由于其m6A水平的增加引起的。这些结果揭示了索拉非尼耐药性的一种新机制,并为circRNA-SORE作为晚期HCC患者索拉非尼治疗的一种新药靶提供了的证明。
 
3. piRNA-30473通过调节DLBCL m6A甲基化促进肿瘤发生导致不良预后
文章链接:piRNA-30473 contributes to tumorigenesis and poorprognosis by regulatingm6A RNA methylation in DLBCL
发表杂志:Blood
发表日期:2020.9.23
影响因子:17.543
摘要:弥漫性B细胞淋巴瘤(DLBCL)的发生和发展受遗传和表观遗传畸变的控制。m6A作为最丰富的mRNA修饰影响各种基础生物过程,然而,m6A修饰在DLBCL中的作用尚不清楚。PIWI-interacting RNAs (piRNAs)已被证明除了在生殖中在肿瘤的发生发展中也有重要影响。我们的研究发现侵袭型DLBCL细胞piRNA-30473表达水平较高,piRNA-30473的缺失降低了DLBCL细胞的增殖并诱导细胞周期停滞。piRNA-30473调节m6A mRNA甲基化酶WTAP的上调,从而提高细胞整体m6A水平。联合转录组MeRIP-seq分析显示,WTAP通过提高HK2 m6A水平来增加其关键靶基因HK2的表达,从而促进DLBCL的进展。总之,piRNA-30473/WTAP/HK2轴通过调节DLBCL中m6A RNA甲基化而促进肿瘤发生。该研究揭示DLBCL中m6A修饰的重要性,并可能有助于开发DLBCL的预后分层和治疗方法。
 
4. 腺病毒RNA上的m6A修饰是有效剪接所必需的
文章链接:Direct RNA sequencing reveals m6A modifications onadenovirus RNA are necessary for efficient splicing
发表杂志:Nature Communications
发表日期:2020.11.26
影响因子:12.121
摘要:腺病毒是一种依赖宿主RNA加工机制DNA病毒。细胞RNA的加工和代谢可以由METTL3调节,METTL3可催化mRNAs m6A甲基化。虽然以前已经检测到m6A修饰的腺病毒RNA,但该修饰在感染周期中的位置和功能尚不清楚。由于复杂的腺病毒转录组包括重叠剪接单元,这就使得使用短读测序进行m6A定位的准确性受到阻碍,因此我们在此使用MeRIP-seq和direct RNA长读测序 (dRNA-seq)的组合来分析腺病毒转录组中的m6A。研究中,我们发现腺病毒感染不会改变m6A相互作用酶的表达,而是将这些宿主蛋白集中在新生病毒RNA合成的位点。虽然病毒早期和晚期基因都以m6A为标志,但是病毒晚期RNAs的表达随着细胞m6A writer METTL3的减少而明显降低。这种晚期基因偏向效应主要是由缺乏METTL3时RNA剪接效率降低导致的,并且可以扩展到所有多重剪接的晚期腺病毒RNA。总的来说,这些结果突出了dRNA- seq的新技术进步,并揭示了m6A影响病毒病原体RNA的剪接和表达。
 
5. METTL3通过MIS12基因m6A依赖性稳定来对抗过早老化
文章链接:METTL3 counteracts premature aging via m6A-dependent stabilizationof MIS12 mRNA
发表杂志:Nucleic Acids Research
发表日期:2020.11.04
影响因子:11.501
摘要:早衰疾病,也称为早衰综合征,是一种罕见的人类疾病,其特征是正常人类衰老加速,如听力损失、脱发、脂肪营养不良、骨质疏松症和动脉粥样硬化。表观遗传失调已被普遍认为影响过早衰老,表观遗传重编程甚至被认为是一种有前途的衰老再生策略,因此表观转录修饰(如m6A RNA甲基化)是否直接调节过早衰老十分值得我们探索。在这里,我们采用LMN突变和WRN敲除的等基因人骨髓间充质干细胞分别作为HGPS(哈勤森-吉尔福德早衰症)和WS(沃纳综合征)模型(两个典型早衰症),来探讨m6A RNA修饰在调节干细胞早衰中的作用。我们发现m6A修饰减少与METTL3表达下调有关,并且METTL3敲除的hMSCs显示加速衰老的特征。相反,在HGPS和WS hMSCs中,METTL3过表达增加m6A修饰并减轻衰老表型。通过RNA测序(RNA-seq)和m6A甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)分析,我们确定MIS12是早衰中受m6A修饰缺失影响的特定靶标,其缺失加速了hMSC衰老,而基因过度表达挽救了衰老的表型。从机理上来说,我们发现m6A reader IGF2BP2识别并稳定m6A修饰的MIS12基因,以防止hMSCs加速衰老。综上所述,METTL3通过m6A修饰依赖性稳定MIS12转录物来减轻hMSC衰老,这代表了干细胞早衰的一种新的转录外机制,并确定了治疗衰老相关疾病的潜在干预策略。


云序m6ARNA修饰课题技术服务五大模块:
1. m6A RNA修饰测序
MeRIP-seq
通过使用m6A抗体富集高甲基化的RNA片段,然后结合高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域
2. m6A RNA修饰靶基因验证

MeRIP-qPCR
云序提供m6A的MeRIP-qPCR服务,可针对mRNA,lncRNA,环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测,低通量验证m6A修饰靶基因表达水平。
3. 机制互作研究
RIP-seq/qPCR
筛选或验证m6A修饰直接靶点,研究m6A修饰靶基因的调控机制。
RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白,研究相应的分子调控机制。
双荧光素酶实验
验证两基因互作,研究相应的分子调控机制。
4. RNA修饰上游酶的筛选
RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m6A甲基化的甲基转移酶。
5. 检测整体m6A RNA修饰水平
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
准确高效,可以实现一次检测,9类修饰水平检测,一步到位。
比色法检测整体m6A甲基化水平

 

云序生物客户RNA修饰测序文章列表
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