云序4篇项目文章|m5C RNA修饰表达谱文章教您如何另辟蹊径快速发文

文章导读
随着RNA修饰在生物领域的持续火热，关于m6A修饰的研究已经广泛开展并发表，至今已觉不新鲜；5-甲基胞嘧啶RNA甲基化（m5C）是一类新的修饰方式，参与调控细胞应激、发育和基因表达等方面，目前m5C研究正处方兴未艾之际，大量的科学研究工作也亟待开展，非常适合有探索性和新颖性需求的老师。这里我们收集整理了4篇云序生物提供服务的m5C甲基化研究的文章，通过展示m5C甲基化的表达分析过程，带领大家掌握常规性表达谱分析思路，给想短时间内发表5分左右文章的老师提供一条康庄大道。

云序项目文章1 
系统性红斑狼疮CD4+ T细胞mRNA m5C甲基化与疾病活动性相关的改变
发表杂志：Frontiers in Cell and Developmental Biology
影响因子：5.201
发表日期：2020.06.05
研究方法：LC-MS/MS，m5C-Bis-Seq，RNA-Seq，RT-qPCR
文章链接：Disease Activity-Associated Alteration of mRNA m5C Methylation in CD4+ T Cells of Systemic Lupus Erythematosus
表观遗传过程与系统性红斑狼疮（SLE）的遗传风险相关。本文旨在探索SLE患者CD4+ T细胞中5-甲基胞嘧啶(m5C)的表达异常以及受影响的mRNA在SLE发病机制中的潜在功能。首先采用质谱分析表明SLE患者CD4+ T细胞的mRNA甲基化呈现高度活性。随后在27例SLE患者和28例HCs患者的CD4+ T细胞中验证了mRNA甲基转移酶NSUN2的表达。采用由云序生物提供的m5C-bis-seq与RNA-seq联合分析NSUN2敲低的HeLa细胞和SLE患者CD4+ T细胞的低甲基化mRNA表达谱，与HCs患者相比，SLE患者CD4+ T细胞中m5C水平下降，但含有m5C的mRNA数量增加。同时，mRNA转录物中的m5C位点分布高度保守，并且富含mRNA翻译起始位点。注释结果表明SLE中的高甲基化m5C及显著上调基因参与了免疫相关和炎性途径，包括免疫系统细胞因子信号传导途径和干扰素信号传导。低甲基化m5C基因则揭示了真核翻译延长和终止与mRNA代谢之间的联系。这些数据为未来研究SLE中mRNA m5C修饰的多功能性和转录后意义提供了有价值的视角。

云序项目文章2
NSUN2缺失对HEK293细胞mRNA 5-甲基胞嘧啶修饰和基因表达谱的影响
发表杂志：Epigenomics
影响因子：4.112
发表日期：2018.12.11
研究方法：m5C-Bis-Seq，RNA-Seq，RT-qPCR
文章链接：Effects of NSUN2 deficiency on the mRNA 5-methylcytosine modification and gene expression profile in HEK293 cells
为了研究NSUN2在调控基因表达和细胞增殖中的生物学作用，本文采用CRISPR/Cas9系统在HEK293细胞中敲除NSUN2基因，并通过由云序生物提供的m5C-Bis-Seq和RNA-Seq检测mRNA m5C修饰和基因表达。结果发现1185个差异甲基化基因和790个差异表达基因，生物信息学分析表明，这些差异甲基化基因主要参与调控基因表达，与细胞增殖相关的通路被差异表达的基因被显著富集。此外，GRB2和CD44可能是NSUN2介导的细胞增殖的关键调控因子。结果表明NSUN2缺失可抑制HEK293细胞的增殖和迁移。这些发现有助于阐明NSUN2影响细胞增殖、迁移和其他细胞表型的分子机制。 云序项目文章3
人肝癌和对应临近非肿瘤组织中mRNA的差异m5C表达谱概述
发表杂志：Journal of Translational Medicine
影响因子：4.124
发表日期：2020.06.22
研究方法：m5C-MeRIP-Seq，RNA-seq
文章链接：Overview of distinct 5-methylcytosine profiles of messenger RNA in human hepatocellular carcinoma and paired adjacent non-tumor tissues
转录后甲基化修饰，如5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰，与癌症的肿瘤发生密切相关。然而，肝细胞癌(HCC)中m5C修饰的mRNA表达谱尚不清楚。本文通过由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq鉴定人HCC组织及邻近组织mRNA上的m5C峰，通过由云序生物提供的RNA-seq联合分析并预测特定甲基化转录本的功能。结果发现m5C在HCC和配对的非肿瘤组织中存在显著差异，暗示了m5C可能在HCC的发病机制中发挥作用。此外，GO和KEGG分析表明mRNA m5C在HCC中独特的分布模式与广泛的细胞功能相关。 云序项目文章4
肝细胞癌中lncRNA的m5C转录表达谱分析
发表杂志：Cancer Management and Research
影响因子：2.886
发表日期：2020.05.14
研究方法：m5C-MeRIP-Seq，RNA-seq
文章链接：Transcriptome-Wide 5-Methylcytosine Functional Profiling of Long Non-Coding RNA in Hepatocellular Carcinoma
越来越多的证据表明，甲基化状态与多种癌症的发病机制有关。其中，肝细胞癌(HCC)是威胁全球人类健康的致命疾病。虽然5-甲基胞嘧啶(m5C)已被确定为一种重要的调控修饰，但其在实体肿瘤(包括HCC)中的分布仍不清楚。本研究旨在探讨m5C在HCC中的分布与相关功能。通过通过由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq，我们观察到在HCC lncRNA中，m5C甲基化需要一个序列基序。无监督的分级聚类分析证实，lncRNA m5C的甲基化在HCC中比邻近的非肿瘤组织更常见。通过由云序生物提供的RNA-seq数据显示，在HCC中，更多基因通过甲基化表达上调，而在邻近的非肿瘤组织中，甲基化表达下调更多基因。GO和KEGG通路分析显示，lncRNA中与m5C位点显著相关的基因参与了HCC信号通路。结果表明，与邻近的非肿瘤组织相比，HCC中m5C的数量和分布有很大差异。本文进一步预测了m5C可能参与的HCC细胞功能，为m5C lncRNA在HCC肿瘤发生进展中的表观遗传调控提供了证据。 点评
文章1和文章2采用m5C-Bis-Seq结合高通量测序技术，得到全基因组m5C修饰图谱，该方法的优点是能够准确定位单碱基的m5C修饰情况。文章3与文章4选用的是云序的m5C-MeRIP结合全转录组测序，可通过（超）微量的样品量，实现一次测序3份数据的超值性价比，通过检测出的circRNA，lncRNA，mRNA表达水平，进行深度挖掘不同分子的RNA修饰机制。
云序生物—RNA修饰优势
专业的服务平台
云序生物是国内较早提供10分以上RNA修饰文章发表服务平台，今用户已发表20+篇RNA修饰相关文章（涵盖了m6A、m5C、m1A、ac4C等各类修饰文章），其中多篇影响因子超过10分，成为国内RNA修饰测序专业的服务平台。2016年至今，检测样本数量累积超过5000+，MeRIP富集成功率高达98%以上。特殊样本如血清，血浆，外泌体和石蜡等也可进行RNA修饰测序。
更多RNA修饰服务
公司长期致力于提供优质前沿表观研究测序产品，结合新科研热点继m6A、m5C、m1A之后，隆重推出多款RNA新修饰，不仅有m7G测序，还包括m3C测序、ac4C乙酰化测序和2'-O-甲基化测序，打造了全修饰和全分子覆盖的研究平台。
一站式服务
公司提供RNA测序一站式服务和系统化解决方案，助力科研。
云序m5C RNA修饰课题技术服务五大模块:
m5C RNA修饰测序
m5C RNA修饰测序（m5C-seq）
根据测序对象分为m5C全转录组测序（环状RNA、lncRNA、mRNA），pri-miRNA测序以及tRNA测序等服务，满足客户的各类测序需求。根据测序方法分为m5C-Bis-Seq和m5C-MeRIP两种。
重NaHSO₃测序法（Bis-Seq）→高精确度：是m5C鉴定的金标准，原理是重亚硫酸盐不影响甲基化C，却能将未发生甲基化的C转变成U（尿嘧啶），后者在PCR反应中变成T，并由此将甲基化C与未甲基化C区分开；再结合高通量测序技术，即可得到单碱基分辨率的全基因组m5C修饰图谱。重亚硫酸盐转换未甲基化C的效率高达99%以上，使得该方法的接受度很高。云序生物具有成熟的Bis-Seq实验平台以及丰富的RNA 甲基化测序经验，可以满足客户对不同样本、不同类型RNA 甲基化测序的各类需求。
甲基化RNA免疫共沉淀测序（Methylated RNA Immunoprecipitation with Next Generation Sequencing，MeRIP-Seq）→微量样品+高性价比：是研究细胞内转录组表观修饰的新技术，通过使用m5C 抗体富集高甲基化的RNA片段，然后结合高通量测序，在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域，从而比较不同细胞、组织、样本间的RNA甲基化修饰模式的差异，可以帮助解决细胞分化、生物发育、疾病发生发展等生物学问题。云序生物MeRIP测序可针对超微量样品进行建库测序，500ng总RNA即可完成测序，并实现一次测序3份数据的超值性价比。 m5C RNA修饰靶基因验证
 m5C MeRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的MeRIP-qPCR服务，可针对mRNA，lncRNA，环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测，低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
机制互作研究
RIP-seq/qPCR
筛选或验证RNA修饰直接靶点，研究RNA修饰靶基因的调控机制。
RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白，研究相应的分子调控机制。
双荧光素酶实验
验证两基因互作，研究相应的分子调控机制。
m5C RNA修饰上游酶的筛选
RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m5C甲基化的甲基转移酶。
检测整体m5C RNA修饰水平
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
精准高效，可以实现一次检测，9类修饰水平检测，一步到位。
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m1A RNA甲基化测序
m7G （m3C）RNA 甲基化测序
2’-O-RNA甲基化测序
m6A Writers/Erasers/Readers预制病毒库
RNA修饰相关酶PCR芯片
ChIP-seq
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往期回顾
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临近年末，恭贺云序客户再发10分RNA甲基化文章